DEGraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGraph

图上的两样本测试

Bioconductor版本:Release (3.6)

DEGraph实现了最近的假设检验方法，直接评估一个特定的基因网络是否在两个条件之间表达差异。这将与更经典的两步方法形成对比，这些方法首先测试单个基因，然后测试基因集在差异表达基因中的富集情况。这些最新的方法考虑到网络的拓扑结构，从而产生更强大的检测程序。DEGraph提供了在任何基因表达数据集上轻松测试差异表达的所有KEGG通路的方法和可视化结果的工具。

作者:劳伦特·雅各布，皮埃尔·纽维尔和桑德琳·杜杜伊特

维护者:Laurent Jacob < Laurent。雅各布在gmail.com>

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PDF	R脚本	DEGraph:基因网络的差异表达测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DecisionTree，DifferentialExpression，GraphAndNetwork，微阵列，网络，NetworkEnrichment，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.10.0)，R.utils
进口	图，KEGGgraph，晶格，mvtnorm，R.methodsS3，RBGL，Rgraphviz，rrcov，NCIgraph
链接
建议	corpcor，字段，图，KEGGgraph，晶格，marray，RBGL，rrcov，Rgraphviz，NCIgraph
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	ToPASeq
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包档案

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源包	DEGraph_1.30.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGraph
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEGraph/
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