DEGraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGraph

图上的两样本测试

Bioconductor版本:Release (3.6)

DEGraph实现了最近的假设检验方法,直接评估一个特定的基因网络是否在两个条件之间表达差异。这将与更经典的两步方法形成对比,这些方法首先测试单个基因,然后测试基因集在差异表达基因中的富集情况。这些最新的方法考虑到网络的拓扑结构,从而产生更强大的检测程序。DEGraph提供了在任何基因表达数据集上轻松测试差异表达的所有KEGG通路的方法和可视化结果的工具。

作者:劳伦特·雅各布,皮埃尔·纽维尔和桑德琳·杜杜伊特

维护者:Laurent Jacob < Laurent。雅各布在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“DEGraph”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DEGraph”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DEGraph”)

PDF R脚本 DEGraph:基因网络的差异表达测试
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DecisionTreeDifferentialExpressionGraphAndNetwork微阵列网络NetworkEnrichment软件
版本 1.30.0
在Bioconductor BioC 2.7 (R-2.12)(7.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 2.10.0),R.utils
进口 KEGGgraph晶格mvtnormR.methodsS3RBGLRgraphvizrrcovNCIgraph
链接
建议 corpcor字段KEGGgraph晶格marrayRBGLrrcovRgraphvizNCIgraph
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 ToPASeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DEGraph_1.30.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGraph
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DEGraph/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网