DChIPRep

DOI:10.18129 / B9.bioc.DChIPRep

DChIPRep -分析的染色质修饰ChIP-Seq数据复制

Bioconductor版本:版本(3.6)

DChIPRep包实现了一个方法来评估不同染色质修改配置文件复制ChIP-Seq研究中描述Chabbert等——http://www.dx.doi.org/10.15252/msb.20145776。给出了该方法的详细描述在软件https://doi.org/10.7717/peerj.1981

作者:贝恩德•克劳斯(aut (cre),克利斯朵夫Chabbert (aut),塞巴斯蒂安·吉布(施)

维护人员:<贝恩德•贝恩德•克劳斯。克劳斯在embl.de >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“DChIPRep”)

文档

HTML	R脚本	DChIPRepVignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,测序,软件,WholeGenome
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.4),DESeq2
进口	方法、统计跑龙套,ggplot2,fdrtool,reshape2,GenomicRanges,SummarizedExperiment,smoothmest,plyr,tidyr,为了,S4Vectors,purrr,soGGi,ChIPpeakAnno
链接
建议	mgcv,testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	Python 2.7, HTSeq (> = 0.6.1) numpy, argparse sys
增强了
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DChIPRep_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	DChIPRep_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DChIPRep_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DChIPRep
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DChIPRep/
包下载报告	下载数据