CompGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.CompGO

一个用于。bed文件注释的R管道，比较基因集和数据可视化之间的GO术语富集

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包包含完成几个任务的函数。它能够从UCSC下载完整的基因组数据库，轻松导入。bed文件，从上述数据库转储中注释这些。bed文件区域的基因(加上距离)，与DAVID接口创建基于基因列表的功能注释和基因本体丰富图表(例如从输入。bed文件生成的那些)，最后使用有向无环图或散点图可视化和比较这些丰富。

作者:Sam D. Bassett [aut]， Ashley J. Waardenberg [aut, cre]

维护者:Ashley J. Waardenberg

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“CompGO”)

文档

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browseVignettes(“CompGO”)

PDF	R脚本	简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	RDAVIDWebService
进口	rtracklayer，Rgraphviz，ggplot2，GenomicFeatures，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，pcaMethods，reshape2，pathview
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CompGO_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	CompGO_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CompGO_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CompGO
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CompGO/
软件包下载报告	下载数据