ChIPseeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseeker

用于芯片峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包实现了检索峰值附近最近基因的功能，标注峰值基因组区域的功能，估计ChIP峰值数据集重叠显著性的统计方法，以及合并GEO数据库的功能，用户可以将自己的数据集与数据库中的数据集进行比较。比较可以用来推断合作调节，因此可以用来产生假设。实现了多个可视化函数来总结峰实验的覆盖范围、与TSS区域结合的峰的平均剖面和热图、基因组注释、与TSS的距离以及峰或基因的重叠。

作者:余光创[aut, cre]，闫云[ctb]， Herve Pages [ctb]， Michael Kluge [ctb]， Thomas Schwarzl [ctb]

维护人员:Guangchuang Yu

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("ChIPseeker")

文档

超文本标记语言	R脚本	ChIPseeker:一个用于芯片峰值标注、比较和可视化的R包
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细节

biocViews	注释，ChIPSeq，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.14.2
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.2)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，引导，剂量(> = 3.0.0),IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，GenomicFeatures，ggplot2(> = 2.2.0),gplots、图形、grDevices、网格、gridBase，gtools、方法、plotrix，dplyr平行,magrittr，RColorBrewer，rtracklayer，S4Vectors统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，UpSetR,跑龙套
链接
建议	clusterProfiler，ReactomePA，org.Hs.eg.db，knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/ChIPseeker
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues
全靠我
进口我	esATAC
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPseeker_1.14.2.tar.gz
Windows二进制	ChIPseeker_1.14.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPseeker_1.14.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseeker
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPseeker/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档