ChIPpeakAnno

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:版本(3.6)

包包含函数来检索在峰值序列,获得丰富基因本体论(去),找到最近的基因外显子,microrna的或自定义特性,比如大多数保守元素和其他转录因子结合位点由用户提供。2.0.5开始,添加了新的功能寻找峰值与双向启动子与汇总统计(peaksNearBDP),总结主题的发生在峰值(summarizePatternInPeaks)和添加其他IDs带注释的山峰或enrichedGO (addGeneIDs)。这个包利用biomaRt、IRanges Biostrings, BSgenome,走了。db,乘和统计包。

作者:丽华朱莉·朱Jianhong Ou,小君,Herve页,克劳德Gazin,内森·劳森瑞恩•汤普森大卫Lapointe西蒙•林和迈克尔·格林

维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >, Jianhong Ou < Ou。jianhong gmail.com >

安装

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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ChIPpeakAnno”)

文档

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细节

biocViews	注释,ChIPSeq,ChIPchip,软件
版本	3.12.7
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.2)、方法、网格,IRanges(> = 2.11.16),Biostrings,GenomicRanges(> = 1.29.14),S4Vectors(> = 0.9.25),维恩图
进口	BiocGenerics(> = 0.1.0),GO.db,biomaRt,BSgenome,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,matrixStats,AnnotationDbi,limma,乘,RBGL,图,BiocInstaller统计数据,地区,DBI,ensembldb,Biobase,seqinr,印尼盾,GenomicAlignments,DelayedArray,SummarizedExperiment,Rsamtools
链接
建议	reactome.db,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,org.Ce.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,gplots,BiocStyle,rtracklayer,knitr,rmarkdown,testthat,trackViewer,motifStack,OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	REDseq,火神
进口我	ATACseqQC,DChIPRep,FunciSNP,GUIDEseq,REDseq
建议我	oneChannelGUI,R3CPET,RIPSeeker
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPpeakAnno_3.12.7.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.12.7.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChIPpeakAnno_3.12.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档