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ChIPexoQual
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPexoQual
ChIPexoQual
Bioconductor版本:Release (3.6)
封装与ChIP-exo/nexus数据的质量控制管道。
作者:Rene Welch, Dongjun Chung, Sunduz Keles
维护者:Rene Welch < Welch at stat.wisc.edu>
引文(从R内，输入引用(“ChIPexoQual”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPexoQual”)
文档
| 超文本标记语言 | R脚本 | 装饰图案的标题 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐，ChIPSeq，报道，质量控制，测序，软件，转录，可视化 |
| 版本 | 1.3.2 |
| 在Bioconductor | BioC 3.5 (R-3.4)(1年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (>= 3.4.0)，GenomicAlignments(> = 1.0.1) |
| 进口 | 方法,跑龙套,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel，GenomicRanges(> = 1.14.4),ggplot2(> = 1.0),data.table(> = 1.9.6),Rsamtools(> = 1.16.1),IRanges(> = 1.6),S4Vectors(> = 0.8),biovizBase(> = 1.18),扫帚(> = 0.4),RColorBrewer(> = 1.1),dplyr(> = 0.5),尺度(> = 0.4.0),冬青(> = 0.3),hexbin(> = 1.27),rmarkdown |
| 链接 | |
| 建议 | ChIPexoQualExample(> = 0.99.1),knitr(> = 1.10),BiocStyle，gridExtra(> = 2.2),testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https: github.com/keleslab/ChIPexoQual |
| BugReports | https://github.com/welch16/ChIPexoQual/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | ChIPexoQual_1.3.2.tar.gz |
| Windows二进制 | ChIPexoQual_1.3.2.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | ChIPexoQual_1.3.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPexoQual |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPexoQual/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.6的旧源包 | 源存档 |
