ChIPanalyser

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPanalyser

ChIPanalyser:预测转录因子结合位点

Bioconductor版本:版本(3.6)

基于统计热力学框架,ChIPanalyser试图产生ChIP-seq像概要文件。模型依赖于四个考虑:TF结合位点可以使用位置权重矩阵,得分在转录因子结合DNA可访问性起着作用,绑定配置文件依赖转录因子与DNA的数量最后结合能(另一种描述PWM的)或绑定特异性应该调制(因此引入绑定特异性调制器)。ChIPanalyser的最终结果是生产资料模拟真实ChIP-seq概要文件和提供这些预测的精度测量配置文件后相比,真正的ChIP-seq数据。最终目标是生产ChIP-seq资料预测ChIP-seq像配置文件来规避产生昂贵的ChIP-seq实验的需要。

作者:帕特里克·c。马丁和尼古拉·拉杜Zabet

维修工:帕特里克·c·马丁< pm16057在essex.ac.uk >

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细节

biocViews	对齐,BiologicalQuestion,ChIPSeq,ChipOnChip,报道,DataImport,PeakDetection,SequenceMatching,测序,软件,转录,WorkflowStep
版本	1.0.0
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.1),GenomicRanges,Biostrings,BSgenome,RcppRoll
进口	方法,IRanges,S4Vectors、grDevices图形、属性、跑龙套
链接
建议	BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,knitr,RUnit,BiocGenerics
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源包	ChIPanalyser_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPanalyser_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChIPanalyser_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPanalyser
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPanalyser/
包下载报告	下载数据