CSAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CSAR

用于分析ChIP-seq数据的统计工具

Bioconductor版本:Release (3.6)

用于ChIP-seq数据分析的统计工具。该软件包包括Kaufmann等人(2009)PLoS Biology: 7(4):e1000090中描述的统计方法。简单地说，考虑到测序的平均DNA片段大小，该软件计算基因组单核苷酸读-富集值。归一化后，样本和对照使用基于泊松分布的检验进行比较。通过随机排列得到控制误发现率的检验统计阈值。

作者:Jose M Muino

维护者:Jose M Muino < Jose。Muino在wur.nl>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“CSAR”)

文档

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PDF	R脚本	CSAR装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，遗传学，软件，转录
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.15.0)，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges
进口	统计,跑龙套
链接
建议	ShortRead，Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	NarrowPeaks
建议我	NarrowPeaks
构建报告

包档案

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源包	CSAR_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	CSAR_1.30.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CSAR_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CSAR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CSAR/
软件包下载报告	下载数据