cn

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNEr

CNE检测和可视化

Bioconductor版本:版本(3.6)

大规模的识别和先进的可视化的守恒的非编码元素集。

作者:通用电气Tan < ge_tan live.com >

维护人员:通用电气Tan < ge_tan live.com >

从内部引用(R,回车引用(“cn”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“cn”)

文档

HTML R脚本 CNE识别和可视化
HTML R脚本 成对全基因组排列
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImport,GeneRegulation,软件,可视化
版本 1.14.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (r - 3.1)(4年)
许可证 GPL-2 |文件许可
取决于 R (> = 3.4)
进口 Biostrings(> = 2.33.4),DBI(> = 0.7),RSQLite(> = 0.11.4),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),rtracklayer(> = 1.25.5),XVector(> = 0.5.4),GenomicAlignments(> = 1.1.9)、方法S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.5.27),readr(> = 0.2.2),BiocGenerics、工具、平行reshape2(> = 1.4.1),ggplot2(> =魅惑,poweRlaw(> = 0.60.3),注释(> = 1.50.0),GO.db(> = 3.3.0),R.utils(> = tripwire),KEGGREST(> = 1.14.0)
链接 S4Vectors,IRanges,XVector
建议 Gviz(> = 1.7.4),BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ge11232002/CNEr
BugReports https://github.com/ge11232002/CNEr/issues
取决于我
进口我 TFBSTools
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 CNEr_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 CNEr_1.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) CNEr_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNEr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CNEr/
包下载报告 下载数据

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