CINdex

DOI:10.18129 / B9.bioc.CINdex

染色体不稳定指数

Bioconductor版本:版本(3.6)

CINdex包地址高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析实验的DNA拷贝数由6.0 Affymetrix SNP数组生成的数据或类似的高通量技术。计算染色体不稳定性(CIN)指数,可以定量地描述全基因组DNA拷贝数改变染色体不稳定性的措施。这个包不仅计算整体基因组不稳定性,但也带来了不稳定性的拷贝数损益单独在染色体和cytoband水平。

作者:雷歌,Krithika Bhuvaneshwar,悦王任命,Ie-Ming Shih,苏Madhavan Yuriy卡

维护人员:Yuriy古瑟夫< yg63 georgetown.edu >

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细节

biocViews	CopyNumberVariation,遗传学,GenomicVariation,微阵列,测序,软件,aCGH
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges
进口	bitops,gplotsgrDevices,耶鲁大学管理学院,dplyr,gridExtra,png,stringr,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb、图形数据,跑龙套
链接
建议	knitr,testthat,ReactomePA,RUnit,BiocGenerics,AnnotationHub,rtracklayer,pd.genomewidesnp.6,org.Hs.eg.db,biovizBase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene、方法、Biostrings,Homo.sapiens
SystemRequirements
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包档案

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源包	CINdex_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	CINdex_1.5.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CINdex_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CINdex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CINdex/
包下载报告	下载数据