BitSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BitSeq

RNA-seq数据的转录本表达推断和差异表达分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

BitSeq包主要用于RNA-seq数据的转录本表达分析和差异表达分析，分两阶段进行。在第一阶段，它使用贝叶斯推理方法从单个RNA-seq实验中推断单个转录本的表达。BitSeq的第二阶段包括转录本表达的差异表达分析。从多个条件的重复中提供表达估计，估计的对数正态模型用于推断条件的平均转录本表达，并根据差异表达的可能性对转录本进行排序。

作者:Peter Glaus, Antti Honkela和Magnus Rattray

维护者:Antti Honkela < Antti。Honkela在hiit。fi>， Panagiotis Papastamoulis < Panagiotis。Papastamoulis在manchester.ac.uk>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“BitSeq”)

文档

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PDF	R脚本	BitSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，贝叶斯，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，转录
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(6年)
许可证	art -2.0 +文件许可
取决于	Rsamtools，zlibbioc
进口	S4Vectors，IRanges
链接	Rsamtools(> = 1.19.38),zlibbioc
建议	刨边机，DESeq，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BitSeq_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	BitSeq_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BitSeq_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BitSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BitSeq/
软件包下载报告	下载数据