Biobase

DOI:10.18129 / B9.bioc.Biobase

Biobase: Bioconductor的基函数

Bioconductor版本:Release (3.6)

许多其他包需要的函数或替换R函数的函数。

作者:R. Gentleman, V. Carey, M. Morgan, S. Falcon

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Biobase”)

文档

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browseVignettes(“Biobase”)

PDF	R脚本	Biobase和ExpressionSets的介绍
PDF	R脚本	esApply介绍
PDF	R脚本	eSet开发人员的注意事项bob电竞体育官网
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，软件
版本	2.38.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 13年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，BiocGenerics(>= 0.3.2)， utils
进口	方法
链接
建议	工具,tkWidgets，所有，RUnit，golubEsets
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	a4Base，a4Core，ACME，affy，affycomp，affycompData，affyContam，affycoretools，affyPLM，affyQCReport，AGDEX，AgiMicroRna，目标，所有，altcdfenvs，annaffy，AnnotationDbi，AnnotationForge，antiProfilesData，ArrayExpress，arrayMvout，ArrayTools，袋，bcellViper，beadarray，beadarrayExampleData，beadarraySNP，bgx，BicARE，bigmelon，BiocCaseStudies，bioDist，BioMVCClass，BioQC，birta，bladderbatch，BLMA，BrainStars，brgedata，相机，cancerclass，cancerdata，红衣主教，卡斯珀，类别，categoryCompare，亚兰，CCPROMISE，cellHTS2，ceu1kg，ceuhm3，CGHbase，CGHcall，CGHregions，魅力，cheung2010，嵌合体，chroGPS，ClassifyR，clippda，慢性淋巴细胞白血病，clusterStab，CMA，cn.farms，codelink，colonCA，转换，国王杯，covEB，covRNA，CRCL18，curatedBreastData，curatedMetagenomicData，davidTiling，DESeq，DEXSeq，DFP，diggit，diggitdata，DLBCL，doppelgangR，dressCheck，dsQTL，DSS，dualKS，dyebias，EBarrays，EDASeq，边缘，EGSEA，eisa，epigenomix，epivizrData，etec16s，ExiMiR，ExpressionAtlas，fabia。，fabiaData，factDesign，fastseg，fibroEset，flowBeads，frma，gaga，gaschYHS，gCMAPWeb，GeneAnswers，GeneExpressionSignature，GeneMeta，geneplotter，geneRecommender，GeneRegionScan，GeneSelectMMD，GeneSelector，geNetClassifier，GEOquery，GGdata，GOexpress，GOFunction，golubEsets，goProfiles，GOstats，GRridge，GSE62944，GSEABase，GSEAlm，GSVAdata，GWASTools，hapFabia，harbChIP，HCsnip，帮助，Hiiragi2013，hmyriB36，hopach，HTqPCR，htSeqTools，HumanAffyData，humanStemCell，HybridMTest，iBMQ，iCheck，IdeoViz，染色体组型，InPAS，检查，等压线，iterativeBMA，iva，Iyer517，kidpack，leeBamViews，leukemiasEset，LMGene，光民，lumiBarnes，lungExpression，macat，mAPKL，MAQCsubset，MAQCsubsetAFX，MAQCsubsetILM，massiR，餐，MergeMaid，metabomxtr，metagenomeFeatures，metagenomeSeq，metavizr，MethPed，methyAnalysis，methylumi，Mfuzz，MiChip，mimager，含羞草，MineICA，海市蜃楼，miRcomp，miRNATarget，MLInterfaces，MLSeq，MMDiff2，MmPalateMiRNA，单片眼镜，msd16s，MSnbase，Mulcom，MultiDataSet，乘，mvoutData，NanoStringDiff，Neve2006，NOISeq，nondetects，normalize450K，NormqPCR，益生元，omicRexposome，oneChannelGUI，OrderedList，OTUbase，OutlierD，PADOG，pandaR，PAnnBuilder，panp，pcaMethods，pcot2，pdInfoBuilder，pdmclass，pepStat，PGSEA，phenoTest，PLPE，赢钱，普拉达，PREDA，PREDAsampledata，ProData，pRolocGUI，承诺，prostateCancerCamcap，prostateCancerGrasso，prostateCancerStockholm，prostateCancerTaylor，prostateCancerVarambally，prot2D，pumadata，qpcrNorm，R453Plus1Toolbox，RbcBook1，rbsurv，rcellminer，rcellminerData，ReadqPCR，犹太人的尊称，RefPlus，rexposome，rHVDM，林格，Risa，Rmagpie，rMAT，RNAinteract，rnaSeqMap，Rnits，Roleswitch，RpsiXML，RTCA，RTopper，RUVnormalizeData，RUVSeq，安全，扫描。通用产品，嘘，SeqGSEA，sigaR，SigCheck，siggenes，simpleaffy，simulatorZ，SpeCond，SPEM，SpikeInSubset，spkTools，splicegear，spliceSites，splineTimeR，STROMA4，SummarizedExperiment，TCGAcrcmiRNA，TCGAcrcmRNA，TDARACNE，tigre，tilingArray，topGO，泛太平洋伙伴关系，tRanslatome，tspair，tweeDEseqCountData，《暮光之城》，撤销，variancePartition，VegaMC，毒蛇，vsn，西瓜，waveTiling，webbioc，xcms，XDE，纱，yeastCC
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Biobase_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	Biobase_2.38.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Biobase_2.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Biobase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Biobase/
软件包下载报告	下载数据