Basic4Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.Basic4Cseq

Basic4Cseq: R/Bioconductor用于分析4C-seq数据的包

Bioconductor版本:Release (3.6)

Basic4Cseq是一个R/Bioconductor包，用于4C-seq数据的基本过滤、分析和后续可视化。虚拟片段库可以为任何BSGenome包创建，包括读取和片段的过滤功能以及基本的质量控制。在实验视点附近的片段数据可以可视化为基于运行中值方法和多尺度接触剖面的覆盖图。

作者:卡罗琳·沃尔特

维护者:Carolin Walter < Carolin。沃尔特在uni-muenster.de>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Basic4Cseq”)

文档

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browseVignettes(“Basic4Cseq”)

PDF	R脚本	Basic4Cseq: R/Bioconductor用于4C-seq数据分析的软件包
PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，质量控制，RNASeq，SequenceMatching，测序，软件，可视化
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.4)，Biostrings，GenomicAlignments，caTools，GenomicRanges， grDevices，图形，统计，utils
进口	方法,RCircos，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Basic4Cseq_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	Basic4Cseq_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Basic4Cseq_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Basic4Cseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Basic4Cseq/
软件包下载报告	下载数据