BadRegionFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.BadRegionFinder

BadRegionFinder: R / Bioconductor方案识别坏覆盖的地区

Bioconductor版本:版本(3.6)

BadRegionFinder与一个坏包识别区域,可接受的和良好的覆盖在bam序列比对数据文件。整个基因组可能被认为是以及一组目标区域。各种视觉和文本类型的输出是可用的。

作者:莎拉Sandmann

维修工:莎拉Sandmann <萨拉。在uni-muenster.de sandmann >

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PDF	R脚本	使用BadRegionFinder
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细节

biocViews	对齐,分类,报道,测序,软件,WholeGenome
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(2年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	VariantAnnotation,Rsamtools,biomaRt,GenomicRanges,S4VectorsgrDevices跑龙套,统计数据,图形
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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源包	BadRegionFinder_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	BadRegionFinder_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	BadRegionFinder_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BadRegionFinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BadRegionFinder/
包下载报告	下载数据