BUMHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUMHMM

利用结构探测实验数据计算修正概率的计算管道

Bioconductor版本:Release (3.6)

这是一个概率建模管道，用于从结构探测实验中收集的数据中计算每个核苷酸修改的后验概率。该模型支持多个实验重复，并经验地纠正了覆盖率和序列依赖的偏差。该模型利用每个核苷酸的“下降率”测量，通过对数比(LDR)在重复之间进行比较。对照重复之间的ldr定义了偶然观察到的退出率变异性的零分布，处理重复和对照重复之间的ldr与该分布进行了比较。由此产生的经验p值(从零分布中“抽取”的概率)被用作隐马尔可夫模型中的观测值，beta均匀混合模型被用作排放模型。所得到的后验概率表示核苷酸在结构探测实验中被修改的概率。

作者:Alina Selega (alina.selega@gmail.com)， Sander Granneman, Guido Sanguinetti

维护者:Alina Selega < Alina。Selega在gmail.com>

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PDF	R脚本	BUMHMM管道介绍
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细节

biocViews	贝叶斯，分类，报道，FeatureExtraction，GeneExpression，GeneRegulation，GeneticVariability，遗传学，HiddenMarkovModel，RNASeq，回归，测序，软件，StructuralPrediction，转录，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	devtools，stringi，gtools，统计，utils，SummarizedExperiment，Biostrings，IRanges
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle
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源包	BUMHMM_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	BUMHMM_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BUMHMM_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUMHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUMHMM/
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