Arraytools

doi:10.18129/b9.bioc.Arraytools

Genechip分析软件包

生物导体版本:版本(3.6)

该软件包旨在为质量评估提供解决方案,并检测Affymetrix Genechips的差异表达基因,包括3'阵列和基因1.0 -ST阵列。该软件包以HTML格式生成综合分析报告。报告页面上的超链接将导致一系列QC图,处理的数据和差异表达的基因列表。差异表达的基因以表格格式报告,注释超链接到在线生物数据库。

作者:Xiwei Wu,Arthur Li

维护者:coh.org>的Arthur li

引用(从r内,输入引用(“ Arraytools”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ arraytools”)

文档

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browsevignettes(“ arraytools”)

PDF R脚本 1.底漆
PDF 参考手册

细节

生物浏览 注解,,,,差异性,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,报告写作,,,,软件,,,,统计信息,,,,可视化
版本 1.38.0
在生物导体中 Bioc 2.3(R-2.8)(9。5年)
执照 LGPL(> = 2.0)
要看 r(> = 2.7.0),副词(> = 1.23.4),生物酶(> = 2.5.5),方法
进口 副词,,,,生物酶,图形,grdevices,林玛,方法,统计,utils,Xtable
链接
建议 简单,,,,R2HTML,,,,Affydata,,,,affyplm,,,,GeneFilter,,,,安菲,,,,GCRMA,,,,hugene10sttranscriptcluster.db
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 arraytools_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 arraytools_1.38.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) arraytools_1.38.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/arraytools
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/arraytools/
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