AnnotationHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:版本(3.6)

这个包提供了一个客户Bioconductor AnnotationHub web资源。基因组AnnotationHub web资源提供了一个中央位置的文件(例如,VCF、床、假发)和其他资源从标准位置(例如,UCSC的运用)可以被发现。资源包括关于每个资源的元数据,例如,文本描述,标签,和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存文件检索的用户,帮助快速和可再生的访问。

作者:马丁•摩根(cre)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora(施)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“AnnotationHub”)

文档

HTML	R脚本	AnnotationHub: AnnotationHub Web服务的访问
HTML	R脚本	AnnotationHub: AnnotationHub如何
HTML	R脚本	AnnotationHub:创建一个AnnotationHub包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GUI,基础设施,软件,ThirdPartyClient
版本	2.10.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10)
进口	grDevices跑龙套、方法,RSQLite,BiocInstaller,旋度,AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors,interactiveDisplayBase,httr,yaml
链接
建议	IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,VariantAnnotation,Rsamtools,rtracklayer,BiocStyle,knitr,AnnotationForge,rBiopaxParser,RUnit,GenomicFeatures,MSnbase,mzR,Biostrings,SummarizedExperiment,ExperimentHub,gdsfmt
SystemRequirements
增强了	AnnotationHubData
URL
取决于我	AnnotationHubData,curatedMetagenomicData,ExperimentHub,ProteomicsAnnotationHubData,RefNet
进口我	alpineData,alternativeSplicingEvents.hg19,annotatr,curatedTCGAData,ensembldb,GenomicScores,grasp2db,gwascat,PathwaySplice,psichomics,pwOmics,REMP,restfulSE,TSRchitect
建议我	AHEnsDbs,芝加哥,CINdex,clusterProfiler,DNAshapeR,dupRadar,epiNEM,epivizrData,GenomicRanges,GOSemSim,HarmonizedTCGAData,MSnbase,OrganismDbi,Pbase,VariantAnnotation
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AnnotationHub_2.10.1.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_2.10.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	AnnotationHub_2.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHub/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档