ABAEnrichment

DOI:10.18129 / B9.bioc.ABAEnrichment

基因表达浓缩在人类的大脑区域

Bioconductor版本:版本(3.6)

包ABAEnrichment旨在测试浓缩的一组用户定义的候选基因的表达基因在不同的大脑区域。核心功能的aba_enrich集成了候选基因的表达(平均在捐助者)和大脑的结构信息使用本体,艾伦大脑图集所提供的项目。“aba_enrich”本体浓缩软件接口函数执行统计分析。这个包中提供额外的功能像‘get_expression’和‘plot_expression促进探索表达数据。从1.3.5版本开始基因组区域可以作为输入,提供;和从版本1.5.9之后开始函数“get_annotated_genes”提供了一个简单的方法来获取基因丰富的注释或用户定义的大脑区域。

作者:·斯格罗特

维修工:施特菲·格罗特在eva.mpg.de > < steffi_grote

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文档

HTML	R脚本	介绍ABAEnrichment
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.11.5),gplots(> = 2.14.2),gtools(> = 3.5.0),ABAData(> = 0.99.2),data.table(> = 1.10.4)、grDevices统计,跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	ABAData
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ABAEnrichment_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ABAEnrichment_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ABAEnrichment_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ABAEnrichment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ABAEnrichment/
包下载报告	下载数据