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DOI:10.18129 / B9.bioc.pasilla

数据包per-exon和每个基因阅读项RNA-seq样本Pasilla混战,布鲁克斯et al ., 2011基因组研究。

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个包提供了选择per-exon和每个基因阅读数量计算基因RNA-seq数据,本文提出了“保护RNA监管果蝇和哺乳动物之间的地图”,布鲁克斯,杨L,达夫,汉森KD,公园JW, Dudoit年代,布伦纳,Graveley BR,基因组研究》2011年2月,21 (2):193 - 202,Epub 2010年10月4日PMID: 20921232。实验研究了影响Pasilla RNAi击倒,哺乳动物的黑腹果蝇直接同源NOVA1 NOVA2,转录组。包小插图描述这里提供的数据来自RNA-Seq读取序列数据所提供的NCBI基因表达综合下加入数字GSM461176 GSM461181。

作者:沃尔夫冈•休伯亚历杭德罗•雷耶斯

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

HTML	R脚本	数据预处理和创建数据对象pasillaGenes pasillaExons
PDF		参考手册

细节

biocViews	Drosophila_melanogaster_Data,ExperimentData,基因组,RNASeqData
版本	1.4.0
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.3.0)
进口
链接
建议	DEXSeq,rmarkdown,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	贝德,DESeq,DESeq2,DEXSeq,genefilter,GenomicRanges,IHWpaper,pasillaBamSubset,regionReport,ReportingTools
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pasilla_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasilla
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pasilla/
包下载报告	下载数据