目前PSIchomics量化可变剪接基于可变剪接注释对人类(hg19)。这个注释创建基于注释味噌,SUPPA,VAST-TOOLS和rMATS。
准备一个新的可变剪接的用法注释PSIchomics首先解析可变剪接事件。目前,事件SUPPA,rMATS,味噌和VAST-TOOLS解析的。可以扩展支持从其他程序可变剪接事件。有关更多信息,请联系努诺·Agostinho (nunodanielagostinho@gmail.com)。
同时,不要忘记加载以下方案:
图书馆(psichomics)# #加载所需的包:闪亮的# #加载所需的包:shinyBS# #开始运行功能的可视化界面,psichomics ()图书馆(plyr)SUPPA基于文本注释生成可变剪接事件。通过运行SUPPA的开始generateEvents脚本文件记录所有事件类型(GTF格式),如果需要的话。看到SUPPA的页面为更多的信息。
输出结果将包括一个目录包含文件一样与可变剪接事件(一个文件为每个事件类型)。这个目录的路径的功能parseSuppaAnnotation (),准备使用注释prepareAnnotationFromEvents ()并保存输出RDS文件:
#“基因组”字符串替换之前的标识符#强调该目录的文件名(例如,如果你的一个#感兴趣的文件名是“hg19_A3。埃克斯波特学院”,字符串将“hg19”)suppa < -parseSuppaAnnotation(suppaOutput基因组=“hg19”)# #检索SUPPA注释……# #解析SUPPA注释……annot < -prepareAnnotationFromEvents(suppa)# #排序坐标…# # [1]“A3SS SUPPA“# #[1]“投产SUPPA“# # [1]“AFE SUPPA”# #[1]“啤酒SUPPA”# #[1]”得到SUPPA“# #每事件类型加入事件……# # A3SS # #安全投产# # # #啤酒# #得到国际扶轮# # # # SE # #清洗注释……# suppaFile < -“suppa_hg19_annotation.RDS”saveRDS(annot文件=suppaFile)就像SUPPA,rMATS还允许根据记录注释生成可变剪接事件,虽然两个BAM或FASTQ生成可变剪接事件所需文件。读rMATS的页面为更多的信息。
的输出结果rMATS然后分发给函数parseMatsAnnotation ():
垫< -parseMatsAnnotation(matsOutput从rMATS #输出目录基因组=“fromGTF”,#标识符的文件名novelEvents =真正的)#解析小说的事件?# #检索rMATS注释……# #解析rMATS注释……annot < -prepareAnnotationFromEvents(垫)# #排序坐标…# # [1]“A3SS垫”# #[1]“投产垫”# # [1]“AFE垫”# #[1]“啤酒垫”# #[1]“得到垫”# #加入事件/事件类型……# # A3SS # #安全投产# # # #啤酒# #得到国际扶轮# # # # SE # #清洗注释……# matsFile < -“mats_hg19_annotation.RDS”saveRDS(annot文件=matsFile)简单的检索味噌的可变剪接注释并给downlaoded文件夹的路径作为输入。
味噌< -parseMisoAnnotation(misoAnnotation)# #检索味噌注释……# #解析味噌注释……annot < -prepareAnnotationFromEvents(味噌)# #排序坐标…# # [1]“A3SS味噌”# #[1]“投产味噌”# # [1]“AFE味噌”# #[1]“啤酒味噌”# #[1]“得到味噌”# # [1]“TandemUTR味噌”# #加入事件/事件类型……# # A3SS # #安全投产# # # #啤酒# #得到国际扶轮# # # # SE # # TandemUTR # #清洗注释……# misoFile < -“miso_AS_annotation_hg19.RDS”saveRDS(annot文件=misoFile)简单的检索VAST-TOOLS可变剪接的注释并给downlaoded文件夹的路径作为输入。注意,然而,复杂事件(即替代外显子结束坐标)尚未解析。
巨大的< -parseVastToolsAnnotation(vastAnnotation)# #检索VAST-TOOLS注释……# #解析VAST-TOOLS注释……# # # # # # ALT3 ALT5结合# #红外# # MERGE3m # #麦克风# # EXSK # #多annot < -prepareAnnotationFromEvents(巨大的)# #排序坐标…# # [1]“A3SS VAST-TOOLS“# #[1]“投产VAST-TOOLS“# #每事件类型加入事件……# # A3SS # #国际扶轮投产# # # # SE # #清洗注释……# vastFile < -“vast_AS_annotation_hg19.RDS”saveRDS(annot文件=vastFile)从不同的来源,结合注释提供感兴趣的解析注解simultasneously函数prepareAnnotationFromEvents:
#让我们从SUPPA结合注释,味噌,rMATS VAST-TOOLSsuppa < -parseSuppaAnnotation(suppaOutput基因组=“hg19”)# #检索SUPPA注释……# #解析SUPPA注释……味噌< -parseMisoAnnotation(misoAnnotation)# #检索味噌注释……# #解析味噌注释……垫< -parseMatsAnnotation(matsOutput基因组=“fromGTF”,novelEvents =真正的)# #检索rMATS注释……# #解析rMATS注释……巨大的< -parseVastToolsAnnotation(vastAnnotation)# #检索VAST-TOOLS注释……# #解析VAST-TOOLS注释……# # # # # # ALT3 ALT5结合# #红外# # MERGE3m # #麦克风# # EXSK # #多annot < -prepareAnnotationFromEvents(suppa庞大、垫、味噌)# #排序坐标…# # [1]“A3SS垫”# # [1]“A3SS味噌”# # [1]“A3SS SUPPA“# # [1]“A3SS VAST-TOOLS“# #[1]“投产垫”# #[1]“投产味噌”# #[1]“投产SUPPA“# #[1]“投产VAST-TOOLS“# # [1]“AFE垫”# # [1]“AFE味噌”# # [1]“AFE SUPPA”# #[1]“啤酒垫”# #[1]“啤酒味噌”# #[1]“啤酒SUPPA”# #[1]“得到垫”# #[1]“得到味噌”# #[1]”得到SUPPA“# # [1]“TandemUTR味噌”# #加入事件/事件类型……# # A3SS # #安全投产# # # #啤酒# #得到国际扶轮# # # # SE # # TandemUTR # #清洗注释……# annotFile < -“AS_annotation_hg19.RDS”saveRDS(annot文件=annotFile)创建的可变剪接注释时可以使用量化可变剪接事件。为此,使用PSIchomics的GUI版本时,一定要选择从文件加载注释…选项,点击下面的按钮,选择最近创建的RDS文件。否则,如果您正在使用CLI版本,执行以下步骤:
annot < -readRDS(annotFile)#“文件”的路径注释文件junctionQuant < -readFile(“ex_junctionQuant.RDS”)#榜样psi < -quantifySplicing(junctionQuant annotc(“本身”,“得到”,“A3SS”,“投产”,“安全的”,“啤酒”))# #计算包含水平跳过外显子SE 6 # #计算包含水平相互排斥的外显子得到6 # #替代计算包含水平3的拼接网站A3SS替代5 ' 6 # #计算包含水平剪切位点投产6 # #计算包含安全水平替代第一外显子6 # #计算包含水平选择最后一个外显子啤酒6ψ#可能有0行,因为小结量化正常1正常2正常3 # # # # SE_1_ + _23385660_23385840_23385851_23395032_ 0.7777778 0.4444444 0.6 # #癌症癌症1 2 3 # # SE_1_ + _23385660_23385840_23385851_23395032_ 0.4 0.4285714 0.5555556