# #——引用,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # toBibtex(引用(“minfi”)) # #——依赖性,警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(minfi)库(minfiData) # #——RGsetEx - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - RGsetEx # # RGsetEx: 622399 RGChannelSet特征MsetEx <——preprocessRaw (RGsetEx) # # MsetEx: MethylSet, 485512特性GMsetEx <——mapToGenome (MsetEx) # # GMsetEx: GenomicMethylSet, 485512 # #——baseDir特性- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - baseDir < -系统。文件(“extdata”,包=“minfiData”) list.files (baseDir) # #——baseDir2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - list.files(文件。路径(baseDir,“5723646052”)) # # - - - - -表- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -目标< - read.metharray.sheet (baseDir)目标# #——BasenameColumn > - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -子(baseDir、”“目标:美元)# #——readingTargets - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - RGset < - read.metharray。exp(目标=目标)# #——pData - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - RGset pd < - pData (RGset) pd [1:4] # #——read2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - RGset2 < read.metharray.exp(文件。路径(baseDir,“5723646052”)) RGset3 < - read.metharray。exp (baseDir,递归= TRUE) # #——sampleSheet2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - targets2 < read.csv(文件。路径(baseDir SampleSheet.csv), stringsAsFactors = FALSE,跳过= 7)targets2 # # - - - - -: - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - targets2 Basename < -文件。路径(baseDir, targets2 Sentrix_ID paste0 (targets2 Sentrix_ID美元,targets2 Sentrix_Position美元))# #——注释- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -注释(RGsetEx) # #——sessionInfo,结果=“黑名单”,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - toLatex (sessionInfo ())