### R代码从vignette源的flowClust。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:stage0 ################################################### 库(flowCore)库(flowClust ) ################################################### ### 代码块2号:stage1 ################################################### 数据(利妥昔单抗)总结(利妥昔单抗)res1 < flowClust(以美罗华varNames = c(“FSC.H”、“SSC.H”),K = 1, B = 100 ) ################################################### ### 代码块3号:stage2 ################################################### rituximab2 < -利妥昔单抗(美罗华%,% res1)它< flowClust (rituximab2 varNames = c(“FL1.H”、“FL3.H”),K = 1:6, B = 100 ) ################################################### ### 代码块数量4:stage2Result ################################################### 标准(它,“BIC)总结(它[[3 ]]) ################################################### ### 代码块5号:stage2ChangeRule1 ################################################### ruleOutliers(它[[3]])< -列表(= 0.95)总结(它[[3 ]]) ################################################### ### 代码块6号:stage2ChangeRule2 ################################################### ruleOutliers(它[[3]])< -列表(z.cutoff = 0.6)总结(它[[3 ]]) ################################################### ### 代码块7号:stage2Alternative ################################################### flowClust (rituximab2 varNames = c(“FL1.H”、“FL3.H”),K = 2, B = 100分钟= c (0, 0), max = c (400800 )) ################################################### ### 代码块8号:stage2Scatter ################################################### 情节(它[[3]],数据= rituximab2 = 0.8水平,z.cutoff = 0 ) ################################################### ### 代码块9号:stage2Contour ################################################### res2.den < -密度(它[[3]],数据= rituximab2)情节(res2.den ) ################################################### ### 代码块10号:stage2Image ################################################### 情节(res2.den type = "形象 ") ################################################### ### 代码块11号:stage2Hist ################################################### 嘘(它[[3]],数据= rituximab2 =“FL1.H子集 ") ################################################### ### 代码块12号:stage2Hist ################################################### 嘘(它[[3]],数据= rituximab2子集= 1 ) ################################################### ### 代码块13号:stage2f ################################################### s2filter < - tmixFilter(“s2filter”,c(“FL1.H”、“FL3.H”),K = 3, B = 100) res2f < - filter (rituximab2 s2filter ) ################################################### ### 代码块14号:stage2fSubsetting ################################################### 子集(rituximab2 res2f)分裂(rituximab2, res2f,人口=列表(那么= 1:2,星际2 = 3 )) ################################################### ### 代码块数量15:stage2fRectGate ################################################### rectGate < - rectangleGate (filterId =“rectRegion”、“FL1.H”= c(0, 400),“FL3.H”= c (0, 800)) MBCfilter < - tmixFilter(“MBCfilter”,c(“FL1.H”、“FL3.H”),K = 2, B = 100)过滤器(rituximab2, MBCfilter % % rectGate子集 ) ################################################### ### 代码块16号:先知先觉 ################################################### 前< -flowClust2Prior(它[[2]],K = 1元= 5000)prior2 <之前prior2 Mu0美元[1]<代表(盒子(200年,prior2λ美元),2)prior2 Lambda0 < -prior2 Lambda0/2美元pfit2 < -flowClust (rituximab2 varNames = c(“FL1.H”、“FL3.H”),K = 2, = prior2之前,usePrior =“是”)标准(mfrow = c(1、2)情节(它[[2]],数据= rituximab2)情节(pfit2、数据= rituximab2)