epivizrData使用的epivizrData包包括方法支持服务数据的可视化应用程序数据从R / Bioconductor对象。它主要是用于服务的数据交互R / Bioconductor epiviz JS应用程序会话http://epiviz.github.io。这些函数被提取epivizr为更容易使用和维护自己的包。
它是用来接收和发送请求通过WebSocket连接提供的epivizrServer。
一般的模式是创建一个使用这个包EpivizDataMgr对象使用createMgr函数。一旦创建了经理,提供的数据对象测量可以添加一个可视化应用程序使用add_measurements方法。
图书馆(epivizrData)图书馆(GenomicRanges)服务器< - epivizrServer:: createServer(端口= 7123 l) data_mgr < - epivizrData:: createMgr(服务器)# #添加测量从农庄对象gr < -农庄(“chr10 IRanges(= 1:1000开始,宽度= 100),得分= rnorm (1000)) data_mgr add_measurements美元(gr、“example_gr”、类型=“英国石油公司”,列=“分数”)# # EpivizBpData example_gr_1 # # GNCList对象与1000范围和1元数据列:# # seqnames范围链|得分# # < Rle > < IRanges > < Rle > | <数字> # # [1]chr10 [100] * | -0.685994382537081 # # [2] chr10 [101] * | 2.13085808401194 # # [3] chr10 [102] * | 1.05910244625537 # # [4] chr10 [103] * | 0.903091704139613 # # [5] chr10 [104] * | -1.26940556923412 # #………………# # [996]chr10 (996、1095) -0.488141012426725 * | # # [997] chr10 (997、1096) 0.597740146717146 * | # # [998] chr10 (998、1097) -0.108291141527645 * | # # [999] chr10 (999、1098) 0.157517273306588 * | # # [1000] chr10 (1000、1099) -0.786336738180292 * | # # - - - - - - - # # seqinfo: 1从一个未指明的基因组序列;没有seqlengths # # # #列:分数# #限制:# #【1】# # (1)4 # # (2)4看到? epivizrData:登记支持的对象类型和选项当添加数据。有关使用epiviz可视化应用程序中看到epivizr包装饰图案。