# #——回声= FALSE,结果=‘隐藏’,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(knitr) # opts_knit设置(缓存= TRUE) # #美元——回声= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(doppelgangR) # #——消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(curatedOvarianData)数据(GSE32062.GPL6480_eset)数据(GSE17260_eset) # #——testesets - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (JapaneseA = GSE32062 testesets < -列表。GPL6480_eset Yoshihara2010 = GSE17260_eset) # #——rundopp,结果=“隐藏”,消息= FALSE,缓存= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - -其中回答<——doppelgangR (testesets phenoFinder.args = NULL) # #——summarizedop,结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -总结(其中回答)# #——plotdop fig.cap = "出现确定的基础上类似的表达谱。垂直的红色线表示标记的样本。“- - - - - par (mfrow = c(2, 2),拉斯维加斯= 1)情节(其中回答)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -图(其中回答,阴谋。一对= c (“JapaneseA”、“JapaneseA”)) # #——rundopp2,结果=“隐藏”,消息= FALSE, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - #其中回答< - doppelgangR (testesets # outlierFinder.expr。args = (bonf列表。概率= 1.0,transFun = atanh #尾=“上层”))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -垫< -矩阵(1:4,ncol = 2)图书馆(Biobase) eset < ExpressionSet(垫)类(eset) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # results2 < - doppelgangR (testesets BPPARAM = MulticoreParam(工人= 8))