# # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(TSRchitect) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # TSRchitectUsersGuide () # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - extdata。dir < -系统。文件(“extdata”,包=“TSRchitect”) tssObjectExample < loadTSSobj (experimentTitle =“装饰图案的例子”,inputDir = extdata之类。dir, isPairedBAM = TRUE, sampleNames = c (“sample1-rep1”、“sample1-rep2”,“sample2-rep1”,“sample2-rep2”), replicateIDs = c(1、1、2、2) #数据集1 - 2和3 - 4复制# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # tssObjectExample # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tssObjectExample < - inputToTSS (experimentName = tssObjectExample) tssObjectExample < processTSS (experimentName = tssObjectExample, n。核= 1,tssSet =“所有”,writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tssObjectExample < determineTSR (experimentName = tssObjectExample, n。核= 1,tsrSetType = "复制",tssSet =“所有”,tagCountThreshold = 25日clustDist = 20, writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tssObjectExample < - mergeSampleData (experimentName = tssObjectExample) tssObjectExample < determineTSR (experimentName = tssObjectExample, n。核= 1,tsrSetType =“合并”,tssSet =“所有”,tagCountThreshold = 25日clustDist = 20, writeTable = FALSE) tssObjectExample < - addTagCountsToTSR (experimentName = tssObjectExample tsrSetType =“合并”,tsrSet = 1, tagCountThreshold = 25日writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sample_1_1_tsrs < - getTSRdata (experimentName = tssObjectExample slotType =“复制”,槽= 1)打印(sample_1_1_tsrs) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - setwd (extdata.dir) #设置我们的工作目录tssObjectExample < - importAnnotationExternal (experimentName = tssObjectExample,文件类型=“gff3 annotFile =“gencode.v19.chr22.transcript.gff3”) tssObjectExample < - addAnnotationToTSR (experimentName = tssObjectExample tsrSetType =“合并”,tsrSet = 1, upstreamDist = 2000, downstreamDist = 500,特性=“成绩单”,featureColumnID = " ID ", writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #保存(tssObjectExample、文件=“tssObjectExample_vignette.RData”)