### R代码来自小插图来源的QTL_Mapping_DO_Mice。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:设置 ################################################### 图书馆(DOQTL)图书馆(MUGAExampleData)数据(把)数据(model.probs ) ################################################### ### 代码块2号:亲属关系 ################################################### K = kinship.probs (model.probs ) ################################################### ### 代码块3号:柯伐合金 ################################################### 柯伐合金= data.frame(性=。数值(pheno$Sex == "M")，饮食= as。数字(把饮食美元= =“高频”))rownames(柯伐合金)= rownames(把 ) ################################################### ### 代码块数量4:单核苷酸多态性 ################################################### 负载(url (ftp://ftp.jax.org/MUGA/muga_snps.Rdata ")) ################################################### ### 代码块5号:scanone ################################################### qtl = scanone(把=把,把。col = "HDW2"， probs =模型。聚合氯化铝,K = K, addcovar =柯伐合金,snp = muga_snps ) ################################################### ### 代码块6号:烫发 ################################################### 烫发= scanone。烫发(pheno = pheno, pheno。col = "HDW2"， probs =模型。聚合氯化铝,addcovar =柯伐合金,snp = muga_snps nperm = 100)用力推=分位数(烫发,聚合氯化铝= 0.95 ) ################################################### ### 代码块7号:qtlplot ################################################### 情节(qtl, sig.thr =用力推,主要= " HDW2 ") ################################################### ### 代码块8号:图一 ################################################### 情节(qtl, sig.thr =用力推,主要= " HDW2 ") ################################################### ### 代码块9号:coefplot ################################################### coefplot (qtl,空空的= 9 ) ################################################### ### 代码块10号:图二 ################################################### coefplot (qtl,空空的= 9 ) ################################################### ### 代码块11号:QTL_Mapping_DO_Mice。Rnw: 177 - 179 ################################################### 间隔= bayesint (qtl,空空的= 9)间隔 ################################################### ### 代码块12号:mergeplot ################################################### 马=协会。Map (pheno = pheno, pheno.)col = "HDW2", probs = model.probs, K = K, addcovar = covar, snps = muga_snps, chr = interval[1,2], start = interval[1,3], end = interval[3,3]) tmp = assoc.plot(ma, thr = 4) unique(tmp$sdps) ################################################### ### code chunk number 13: fig3 ################################################### ma = assoc.map(pheno = pheno, pheno.col = "HDW2", probs = model.probs, K = K, addcovar = covar, snps = muga_snps, chr = interval[1,2], start = interval[1,3], end = interval[3,3]) tmp = assoc.plot(ma, thr = 4) unique(tmp$sdps) ################################################### ### code chunk number 14: get_genes ################################################### mgi = get.mgi.features(chr = interval[1,2], start = interval[1,3], end = interval[3,3], type = "gene", source = "MGI") nrow(mgi) head(mgi) ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### sessionInfo()