# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(echo = TRUE,结果=“标记”,消息= FALSE,警告= FALSE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(flowWorkspace)库(CytoML) fcsFiles < -列表。文件(模式= " CytoTrol”系统。文件(“extdata”,包=“flowWorkspaceData”), full.names = TRUE) xmlfile < -执行(“extdata / cytotrol_tcell_cytobank。xml”,包= " CytoML”) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # gs < - cytobank2GatingSet (xmlfile fcsFiles) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - g <——read.gatingML.cytobank (xmlfile)类(g) g # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - getNodes (g) getParent (g,“GateSet_722318”)调用getChildren (g, GateSet_722318) # #——fig.width = 4,无花果。身高= 4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -情节(g) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fs < - read.ncdfFlowSet (fcsFiles) gs < - GatingSet (fs) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gs < -补偿(g, g) # #从graphGML反式提取转换< - getTransformations (g)反式# #变换的GatingSet gs < -变换(gs、反式)# #——fig.width = 4,无花果。身高= 4,fig.show =“持有”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -要求(ggcyto) ggcyto (gs、aes (x = CD4)子集=“根”)+ geom_density () ggcyto (gs、aes (x = CD4, y = CD8)子集=“根”)+ geom_hex() # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -控制(g, g) # #情节盖茨autoplot (gs[[1]]) #提取人口统计getPopStats (gs、statType =“计数”)