介绍ComplexHeatmap包

作者:Zuguang Gu (z.gu@dkfz.de)

日期:2017-04-24

复杂的热图是有效的可视化不同来源的数据集之间的联系,揭示潜在的结构。在这里,ComplexHeatmap包提供一个高度灵活的方式安排多个热图,支持自定义注释图形。

总体设计

一般来说,热图列表包含几个热图和行注释。

周围的热图列表,有传说的热图和注释,也有标题放在热图的四方列表。对于每个热图,周围也有不同的组件的热图的身体。

的ComplexHeatmap包在一个面向对象的方法实现。描述一个热图列表,有以下课程:

• 的热图类:一个热图包含身体的热图,行/列的名字,头衔,系统树图和列注释。
• HeatmapList类:一个列表的热图和行注释。
• HeatmapAnnotation类:定义注释行注释和列的列表。

也有一些内部类:

• SingleAnnotation类:定义一个单行注释或列注释。
• ColorMapping类:从值映射到颜色。

ComplexHeatmap实现下网格系统,因此用户应该知道基本的网格包的功能得到充分利用。

小插曲

有几个片段在包。每个装饰图案聚焦于一个特定的主题。下面列出了这些小插曲:一般的话题

1. 做一个热图

   这个描述介绍的基本配置一个热图。类似其他R功能/包、基本用法非常相似,但有一些独特的特性ComplexHeamtap包中。

   • 既适合数字矩阵和特征矩阵。
   • 数字矩阵包含连续值,包允许颜色映射函数可以给更准确的颜色和健壮的异常值。

   • 高度灵活的集群。您可以定义的距离聚类的方法:

     • 一个预定义的距离如“欧几里得”或“培生”,
     • 自定义函数计算距离矩阵,
     • 自定义函数计算两个向量的距离。

     您可以定义聚类方法:

     • 一个集群等功能戴安娜()从集群包
     • 一个hclust或系统树图对象。

   • NA可以为集群和热图可视化。

   • 系统树图和维度名称可以放在任何的热图。

   • 行可以分裂的热图cutree,通过kmeans或一个数据帧包含不同层次,分裂的热图。

   • 热图体本身可以完全自我界定的。

2. 制作的热图的列表

   这个描述了如何连接的热图的列表和调整是保持热图的通信应用。

3. 热图注释

   这个描述的概念介绍的热图注释和演示了如何制作简单的注释以及复杂的注释。同时,装饰图案解释列注释和行注释之间的区别。

4. 热图和注释的传说

   这个描述了如何配置的热图和注释的传说,传说还如何添加自我界定的传说。

5. 热图装饰

   这个描述的方法来介绍添加更多的自我界定的图形生成的热图后的热图。

6. 互动与热图

   如何选择一个地区的热图检索子矩阵。

7. OncoPrint

   如何让一个oncoPrint。

8. 例子

   更多的模拟和实际的例子这小插图所示。

补充的ComplexHeatmap纸,有四个综合实例应用于现实世界的高通量数据集。的例子可以在这里找到。

也我的博客有一些例子和建议进行更复杂的热图。