v1.3.3 ________________________________________________________________________________——使用基于本土Rcpp图类和小团体提取算法版本1.1.12 ________________________________________________________________________________ - Bug修复:pangenome构造子集现在更快,实际上正确版本1.1.11 ________________________________________________________________________________ -改善:各种速度的改进——解决命名空间冲突矩阵和S4Vectors版本1.1.10 ________________________________________________________________________________——特点:新类pgSlim处理pangenomes没有参考序列数据- Bug修复:safeAAread / safeDNAread将返回错误的序列当fasta文件数量超过2000版本1.1.9 ________________________________________________________________________________——特点:为核心组分类阈值现在可以设置(默认为1)-改善:只有调查邻居组织改变了在neighborhoodMerge迭代。版本1.1.8 ________________________________________________________________________________ - Bug修复:装饰图案错误由于问题reutils 1.1.7版________________________________________________________________________________——特点:cdhitGrouping创建初始分组基于cdhit算法——特点:neighborhoodSplit现在改进分割作为最后一步通过合并高度相似的团体共享基因集团——或下游——特点:gpcGrouping现在可以使用CD-Hit precluster——特点:现在关键算法报告进度和时间信息——特点:自定义linearKernel函数,它接受一个上层相似性阈值来加速比较。——特点:更新装饰图案,重点推荐工作流-改善:更多高性能pcGraph, neighborhoodSplit, pgMatrix方法——改进:pgMatrix现在返回sparseMatrix低内存占用-改善:pangenome矩阵不再存储在pgInMem - Bug修复:删除zerolength基因在pangenome创造。- Bug修复:批处理访问fasta文件以避免“太多的开放连接”错误版本1.1.6 ________________________________________________________________________________——跳过一些长时间运行的示例和测试来减少检查时间版本1.1.5 ________________________________________________________________________________ - Bug修复:.fillDefaults现在正确地提取帧提前版本1.1.4 ________________________________________________________________________________——修复进口进口BiocGenerics S4Vectors和IRanges完整版本1.1.3 ________________________________________________________________________________ -小优化代码getRep现在名字基因组名称- transformSim现在sparseMatrix而不是矩阵对象——避免强迫大型稀疏矩阵,矩阵的格式版本1.1.1 ________________________________________________________________________________——修复Bug影响pangenomes超过100基因组GPC使用时自动创建树。版本1.1.0 ________________________________________________________________________________ -添加kmerSplit方法1.0.3版本________________________________________________________________________________——更新与ggplot2 v2.0.0——所有进口从ggplot2 gtable和网格现在明确版本1.0.2 ________________________________________________________________________________——transformSim固定错误,因为它打破大型相似矩阵——固定错误orgTree只有现在pangenomes超过100个基因组版本0.99.0 ________________________________________________________________________________——Bioconductor提交