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DOI:10.18129 / B9.bioc.triplex

搜索和可视化分子内triplex-forming在DNA序列

Bioconductor版本:版本(3.5)

这个包提供了识别和可视化功能潜在的分子内三层模式的DNA序列。的主要功能是检测子序列的位置可以折叠成一个分子内三层(H-DNA)更大的序列。潜在的H-DNA(三)应该尽可能多的cannonical核苷酸三联体。包包括可视化显示确切的碱基对1 d, 2 d或3 d。

作者:雅罗西克宝贝梅Lexa,托马斯从丹尼尔Kopecek Martinek和卡米尔Rajdl贡献

维修工:雅罗西克鸿<忌日。亲爱的:gmail.com >

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PDF	R脚本	三层用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation,SequenceMatching,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(4.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可
取决于	R (> = 2.15.0),S4Vectors(> = 0.5.14),IRanges(> = 2.5.27),XVector(> = 0.11.6),Biostrings(> = 2.39.10)
进口	方法、网格GenomicRanges
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	rgl(> = 0.93.932),BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,rtracklayer,GenomeGraphs
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.fi.muni.cz/ lexa /三/
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	triplex_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	triplex_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	triplex_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/triplex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/triplex/
包下载报告	下载数据