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DOI:10.18129 / B9.bioc.trio

个案-亲本三重奏研究中SNP和SNP相互作用的检验

Bioconductor版本:Release (3.5)

检测SNP和SNP与基因型TDT的相互作用。该软件包还包含用于计算成对的LD度量值和识别LD块的函数，以及用于建立匹配的病例伪对照基因型数据的函数，以运行三项逻辑回归，用于输入缺失的基因型，用于模拟疾病风险依赖于SNP相互作用的病例父母三人组，以及在三人组数据中进行功率和样本量计算。

作者:Holger Schwender, Qing Li, Philipp Berger, Christoph Neumann, Margaret Taub, Ingo Ruczinski

维护人员:霍尔格·施文德<霍尔格。等在gmx.de >

安装

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文档

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browseVignettes(“三”)

PDF	R脚本	三段式逻辑回归与基因型TDT
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneticVariability,遗传学,微阵列,单核苷酸多态性,软件
版本	3.14.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(4年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (> = 3.0.1)
进口
链接
建议	生存,haplo.stats,mcbiopi,siggenes样条函数,LogicReg(> = 1.5.3)更正,logicFS(> = 1.28.1),KernSmooth,VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	trio_3.14.0.tar.gz
Windows二进制	trio_3.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	trio_3.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trio
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/trio/
包下载报告	下载数据