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SSCU
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选定密码子使用的强度
生物导体版本：版本（3.5）
包装计算细菌物种中密码子使用中选择性长度的索引。（1）包装可以根据Paul Sharp的方法计算所选密码子使用偏置（SSCU，也称为S_INDEX）的强度。该方法考虑了背景突变率，仅专注于所有细菌物种中具有普遍翻译优势的四对密码子。因此，SSCU指数在不同物种之间是可比的。（2）包装可以通过Akashi的测试来检测转化精度选择的强度。测试将所有密码子分为四个类别，其特征是保守/可变氨基酸和最佳/非最佳密码子。（3）可以通过op_highly函数（通过与所有基因相比使用高表达基因来识别最佳密码子）或OP_CORRE_CODONW/op_corre_ncprime函数（通过Hershberg＆Petrov开发的相关方法）来计算最佳密码子列表（选定密码子）（通过使用高表达基因来计算。用户将有一个最佳密码子列表以进行进一步分析，例如对Akashi测试的输入。（4）可以通过Optimal_Codon_Statistics和Genomic_GC3函数来计算详细的密码子使用信息，例如RSCU值，高度/所有基因集中的最佳密码子的数量以及基因组GC3值。（5）此外，我们在软件包中添加了一个测试功能low_frequency_op。 The function try to find the low frequency optimal codons, among all the optimal codons identified by the op_highly function.
作者：Yu Sun
维护者：yu sun
引用（从r内，输入引用（“ SSCU”））：
安装
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文档
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 基因表达，，，，遗传学，，，，软件，，，，全媒体 |
| 版本 | 2.6.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.3（R-3.3）（1。5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | R（> = 3.3） |
| 进口 | 生物弦（> = 2.36.4），seqinr（> = 3.1-3），生物基因（> = 0.16.1） |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | sscu_2.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | sscu_2.6.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | sscu_2.6.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sscu |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/sscu/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
