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DOI:10.18129 / B9.bioc.specL

准备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学

Bioconductor版本:Release (3.5)

specL提供了一个生成光谱库的函数，可用于蛋白质组学中的MRM SRM MS工作流程。该软件包提供了一个BiblioSpec阅读器，一个可以使用FASTA格式的氨基酸文件添加蛋白质信息的函数，以及一个用于在Spectronaut软件中使用创建的库的导出方法。

作者:Christian Trachsel [aut]， Christian Panse [aut, cre]， Jonas Grossmann [aut]， Witold E. Wolski [ctb]

维护者:Christian Panse ， Witold E. Wolski

安装

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文档

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PDF	R脚本	specL简介
超文本标记语言	R脚本	自动工作流程
超文本标记语言	R脚本	计算动态SWATH窗口
超文本标记语言	R脚本	使用ssrc方法预测保留时间
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(三年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3.2)，DBI(>= 0.5.1)，方法(>= 3.3.2)protViz(> = 0.2.28),RSQLite(> = 1.1.2),seqinr(> = 3.3.3)
进口
链接	Rcpp(> = 0.12.4)
建议	BiocGenerics，BiocStyle(> = 2.2.1),knitr(> = 1.15.1),msqc1(> = 1.0.0),plotrix(> = 3.6.4),prozor(> = 0.2.2),RUnit(> = 0.4.31)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fgcz/specL
BugReports	https://github.com/fgcz/specL/issues
全靠我
进口我
建议我	msqc1
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	specL_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	specL_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	specL_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/specL
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/specL/
软件包下载报告	下载数据