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seq2pathway
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doi：10.18129/b9.bioc.seq2Pathway
用于下一代测序数据的功能基因组（或称为途径）的新型工具
生物导体版本：版本（3.5）
Seq2Pathway是对下一代测序数据的功能基因组（或称为途径）分析的新型工具，该数据由“ SEQ2Gene”和“ Gene2Path”组件组成。SEQ2Gene将基因组区域（包括SNP或点突变坐标）的序列级测量与基因级别的得分联系在一起，而Gene2Pathway将基因分数汇总到每个样品的途径评分。SEQ2Gene具有将编码和非外观区域分配给更广泛的邻近基因的可行性，从而促进了功能性非编码区域的研究。Gene2Pathway考虑了途径中基因成员的显着性数量，比较了途径以外的途径。Seq2Pathway的输出是定量途径级得分的一般结构，因此可以使一个数据集功能解释RNA-SEQ，CHIP-SEQ，GWAS，并从其他下一个世代测序实验中得出。
作者：uchicago.edu>的xinan yang
维护者：uchicago.edu>的xinan yang
引用（从r内，输入引用（“ seq2pathway”））：
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文档
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| R脚本 | 序列的R软件包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（2。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | R（> = 2.10.0） |
| 进口 | nnet，，，，WGCNA，，，，GSA，，，，Biomart，，，，基因组机，，，，seq2pathway.data |
| 链接 | |
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包装档案
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| 源包 | seq2Pathway_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | seq2pathway_1.8.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | seq2Pathway_1.8.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seq2pathway |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/seq2pathway/ |
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