rtracklayer
DOI:
10.18129 / B9.bioc.rtracklayer
基因组浏览器的R接口及其注释跟踪
Bioconductor版本:Release (3.5)
可扩展的框架，用于与多个基因组浏览器交互(目前UCSC内置)，并以各种格式操作注释轨道(目前GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig和2bit内置)。用户可以从支持的浏览器导出/导入音轨，以及查询和修改浏览器的状态，如当前的视口。
作者:迈克尔·劳伦斯，文斯·凯里，罗伯特·绅士
维护者:Michael Lawrence
引用(从R中，输入引用(“rtracklayer”))：
安装
要安装这个包，开始R，然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("rtracklayer")
文档
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browseVignettes(“rtracklayer”)
细节
| biocViews |
注释，DataImport，软件，可视化 |
| 版本 |
1.36.6 |
| 在Bioconductor公司 |
BioC 2.2 (R-2.7)(9.5年) |
| 许可证 |
artist -2.0 +文件许可证 |
| 取决于 |
R(>= 3.3)，方法，GenomicRanges(> = 1.21.20) |
| 进口 |
XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.3.7),XVector(> = 0.9.4),GenomeInfoDb(> = 1.3.14),Biostrings(> = 2.43.7),zlibbioc，RCurl(> = 1.4 2),Rsamtools(> = 1.17.8),GenomicAlignments(>= 1.5.4)，工具 |
| 链接 |
S4Vectors，IRanges，XVector |
| 建议 |
BSgenome(> = 1.33.4),humanStemCell，微(> = 1.1.1),genefilter，limma，org.Hs.eg.db，hgu133plus2.db，GenomicFeatures，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 全靠我 |
BSgenome，ChIPComp，CoverageView，腰带，EatonEtAlChIPseq，exomePeak，geneXtendeR，GenomicFiles，groHMM，吉他，HelloRanges，IdeoViz，MethylSeekR，r3Cseq，地区，RIPSeeker，连接工具 |
| 进口我 |
AnnotationHubData，annotatr，ATACseqQC，舞会礼服，BiSeq，分歧点，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，CexoR，chipenrich，chipenrich.data，ChIPseeker，ChromHeatMap，cn，彗星，CompGO，consensusSeekeR，contiBAIT，conumee，customProDB，位深蓝，derfinder，diffloop，ensembldb，erma，FourCSeq，FunciSNP，FunciSNP.data，genbankr，geneAttribution，geneLenDataBase，genomation，GenomicFeatures，GenomicInteractions，genotypeeval，ggbio，GGtools，gmapR，哥特，gQTLBase，GreyListChIP，Gviz，gwascat，hiAnnotator，HiTC，HTSeqGenie，karyoploteR，MADSEQ，MEDIPS，metagene，methyAnalysis，methylKit，motifbreakR，MotifDb，NADfinder，normr，Pbase，PGA，proBAMr，PureCN，qsea，QuasR，美国广播公司，重新计票，收回，地区，Repitools，RiboProfiling，RNAprobR，咆哮，seqplots，SGSeq，soGGi，SVM2CRM，TFBSTools，trackViewer，transcriptR，TSRchitect，VariantAnnotation，VariantTools，wavClusteR，wiggleplotr |
| 建议我 |
高山，AnnotationHub，BiocFileCache，biovizBase，ChIPpeakAnno，CINdex，compEpiTools，CrispRVariants，dsQTL，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，GenomicAlignments，GenomicRanges，GeuvadisTranscriptExpr，goseq，InPAS，interactiveDisplay，metaseqR，methylumi，MotIV，MutationalPatterns，NarrowPeaks，oneChannelGUI，OrganismDbi，PasillaTranscriptExpr，图片，平，pqsfinder，R453Plus1Toolbox，林格，rMAT，RnBeads，RSVSim，签名者，similaRpeak，三层，TSSi，TVTB |
| 构建报告 |
|
包档案
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在R会话中使用这个包的说明。
