要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“重新计票”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

重新计票

DOI:10.18129 / B9.bioc.recount

从重新计票项目中探索和下载数据

Bioconductor版本:Release (3.5)

在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/上可以查看和下载重新计票项目的数据。使用重新计数包,您可以下载基因,外显子或外显子-外显子连接水平的rangedsummarizeexperimental对象,原始计数,所使用的表型元数据,特定研究的样本覆盖率bigWig文件或平均覆盖率bigWig文件的url。rangedsummarizeexperiment对象可以被不同的包用于执行差异表达式分析。使用//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder,您可以使用来自重新计数项目的数据执行与注释无关的差异表达式分析,如http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html所述。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre], Abhinav Nellore [ctb], Andrew E. Jaffe [ctb], Margaret A. Taub [ctb], Kai Kammers [ctb], Shannon E. Ellis [ctb], Kasper Daniel Hansen [ctb], Ben Langmead [ctb], Jeffrey T. Leek [aut, ths]

维护者:Leonardo Collado-Torres

引文(从R内,输入引用(“讲述”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“重新计票”)

文档

超文本标记语言 R脚本 基本的DESeq2结果探索
超文本标记语言 R脚本 重新计票快速入门指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道DataImportDifferentialExpressionGeneExpressionRNASeq测序软件
版本 1.2.3
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(1年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3.0),SummarizedExperiment
进口 BiocParallelderfinder下载器GEOqueryGenomeInfoDbGenomicRangesIRanges、方法、RCurlrentrezrtracklayer(> = 1.35.3),S4Vectors,统计,效用
链接
建议 AnnotationDbiBiocStyle(> = 2.3.20),DESeq2devtools(> = 1.6),EnsDb.Hsapiens.v79GenomicFeaturesknitcitationsknitr(> = 1.6),org.Hs.eg.dbregionReport(> = 1.9.4),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/leekgroup/recount
BugReports https://support.bioconductor.org/t/recount/
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 recount_1.2.3.tar.gz
Windows二进制 recount_1.2.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) recount_1.2.3.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/recount/
软件包下载报告 下载数据

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Bioconductor

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支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网