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psichomics
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DOI:10.18129 / B9.bioc.psichomics
图形界面对可变剪接量化、分析和可视化
Bioconductor版本:版本(3.5)
交互式R包和Shiny-based量化图形界面,分析和可视化的可变剪接癌症基因组图谱的数据(TCGA)或Genotype-Tissue表达式(GTEx)项目。这个工具交互地执行生存、主成分和微分剪接分析直接整合临床特征(如肿瘤阶段或生存),TCGA和GTEx样本。
作者:努诺·Saraiva-Agostinho (aut (cre),努诺·Barbosa-Morais (aut、领导、手),安德烈·法尔考(黑色),莉娜加利西亚的部门(施),玛丽Bordone[所有],特蕾莎修女玛雅[所有],马里亚纳费雷拉(施),安娜卡Leote[所有],Bernardo阿尔梅达(施)
维护人员:努诺·Saraiva-Agostinho < nunodanielagostinho gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“psichomics”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“psichomics”)
文档
| HTML | R脚本 | 命令行界面教程 |
| HTML | R脚本 | 自定义的可变剪接注释 |
| HTML | R脚本 | 可视化界面教程 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | AlternativeSplicing,BiomedicalInformatics,DifferentialSplicing,GUI,MultipleComparison,PrincipalComponent,RNASeq,测序,软件,生存,转录,转录组,可视化 |
| 版本 | 1.2.1 " |
| Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(1年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可 |
| 取决于 | R (> = 3.3),闪亮的(> = 1.0.0),shinyBS |
| 进口 | AnnotationHub,colourpicker,data.table,消化,dplyr,DT(> = 0.2),fastmatch,ggplot2grDevices,highcharter(> = 0.5.0),htmltools,httr,jsonlite,miscTools,plyr,R.utils,shinyjs,stringr统计数据,生存,寿司、工具、跑龙套XML、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,knitr平行,devtools,rmarkdown,gplots,covr,车 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/nuno-agostinho/psichomics |
| BugReports | https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | psichomics_1.2.1.tar.gz |
| Windows二进制 | psichomics_1.2.1.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | psichomics_1.2.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/psichomics |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/psichomics/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
