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DOI:10.18129 / B9.bioc.podkat

位置相关核关联检验

Bioconductor版本:Release (3.5)

这个包提供了一个关联测试，能够处理非常罕见甚至私有的变体。这是通过基于内核的方法来完成的，该方法将变量的位置考虑在内。该测试可用于预处理矩阵数据，也可直接用于VCF文件中存储的变量数据。关联检测可以进行全基因组，全外显子组，或限制在预定义的感兴趣的区域。测试由分析和可视化结果的工具补充。

作者:Ulrich Bodenhofer

维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>

安装

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文档

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PDF	R脚本	PODKAT -一个R包，用于涉及稀有和私有变体的关联测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，测序，软件，VariantAnnotation，WholeGenome
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(2.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.2.0)，方法，Rsamtools，GenomicRanges
进口	Rcpp(>= 0.11.1)，并行，统计，图形，grDevices, utils，Biobase，BiocGenerics，矩阵，GenomeInfoDb，IRanges，Biostrings，BSgenome(> = 1.32.0)
链接	Rcpp，Rsamtools
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，GWASTools(> = 1.13.24),VariantAnnotation，SummarizedExperiment，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	podkat_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	podkat_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	podkat_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/
软件包下载报告	下载数据