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doi：10.18129/b9.bioc.phyloseq

高通量微生物组普查数据的处理和分析

生物导体版本：版本（3.5）

ThyloSeq提供了一组类和工具，以促进微生物组普查数据的导入，存储，分析和图形显示。

作者：Paul J. McMurdie ，susan Holmes 的Susan，Gregory Jordan和Scott Chamberlain的贡献

维护者：Paul J. McMurdie

安装

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文档

html	R脚本	分析小插图
html	R脚本	Thyloseq和Deseq2关于结直肠癌数据
html	R脚本	Thyloseq基础知识
html	R脚本	Thyloseq经常提出问题（FAQ）
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，聚类，，，，遗传因素，，，，宏基因组学，，，，微生物组，，，，多重组合，，，，测序，，，，软件
版本	1.20.0
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（5。5年）
执照	AGPL-3
要看	r（> = 3.3.0）
进口	生物基因（> = 0.18.0），ADE4（> = 1.7.4），猿（> = 3.4），生物形式（> = 1.0.0），生物弦（> = 2.40.0），簇（> = 2.0.4），Data.Table（> = 1.9.6），foreach（> = 1.4.3），GGPLOT2（> = 2.1.0），Igraph（> = 1.0.1），方法（> = 3.3.0），多检验（> = 2.28.0），plyr（> = 1.8.3），RESHAPE2（> = 1.4.1），秤（> = 0.4.0），素食主义者（> = 2.3.5），生物酶
链接
建议	生物使用（> = 2.0.0），deseq2（> = 1.12.0），GeneFilter（> = 1.54），测试（> = 1.0.2），尼特（> = 1.13），元基因组（> = 1.14），rmarkDown（> = 0.9.6）
系统要求
增强	多帕尔（> = 1.0.10）
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
BugReports	https://github.com/joey711/phyloseq/issues
取决于我	策划的元素元素，，，，RPA
进口我	metavizr，，，，Pathostat
建议我	菲尔
构建报告

包装档案

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源包	Thyloseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	Thyloseq_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Thyloseq_1.20.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/
软件包下载报告	下载统计