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Bioconductor版本:释放(3.5)
MVGST提供独立于平台的工具,以识别差异的差异(上或向下)的GO术语(基因集)以多重的感兴趣对比度。给定单侧p值的矩阵(基因的行,对比度的柱),MVGST使用Meta-Dialtic方法将所有基因的P值与每个基因集合的所有基因组合,然后将每个基因分类为显着分类活性(1),较少的活性(-1),或者在每个感兴趣的对比中或没有显着差异差异(0)。随着感兴趣的多重对比,每个基因集被分配给差异活动的概况(横跨对比度)。还提供了用于可视化(在GO图表中)的工具,该基因集分类为给定的配置文件。
作者:John R. Stevens和Dennis S. Mecham
维护者:John R. Stevens
引文(从R内,输入引文(“MVGST”)
):
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BROWSEVIGNETTES(“MVGST”)
PDF. | r script. | MVGST教程Vignette. |
PDF. | 参考手册 | |
文本 | 消息 |
Biocviews. | 不同的亚兴那去那GenesetenRichment.那graphandnetwork.那微阵列那oneChannel.那途径那rnaseq.那软件 |
版本 | 1.10.0 |
在生物导体中以来 | BIOC 3.0(R-3.1)(3年) |
执照 | GPL-3 |
依靠 | r(> = 2.10.0),go.db.那rghrachviz |
进口 | Gprofiler.那stringr.那顶点那古司裤那注释那annotationdbi.那图形 |
链接到 | |
建议 | hgu133plus2.db.那org.hs.eg.db. |
系统要求 | |
加强 | |
URL. | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
建立报告 |
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
源包 | mvgst_1.10.0.tar.gz. |
Windows二进制文件 | mvgst_1.10.0.zip. |
Mac OS x 10.11(El Capitan) | mvgst_1.10.0.tgz. |
源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/mvgst. |
包短网址 | http://biocidodder.org/packages/mvgst/ |
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