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DOI:10.18129 / B9.bioc.motifcounter

用于分析DNA序列中的TFBSs的R包

Bioconductor版本:Release (3.5)

'motifcounter'提供了计算DNA序列中与motif匹配相关的统计数据和计数motif匹配的功能。作为输入，“motifcounter”需要一个基于位置频率矩阵(PFM)的motif。此外，还需要一组DNA序列来估计高阶背景模型(BGM)。该包提供了函数来研究PFM和BGM在给定序列集序列之间的每个位置和每个链的对数似能分数。此外，该包便于基于自动派生的分数阈值的主题匹配。为此，有效地确定分数的分布，并为用户规定的显著性水平选择分数阈值。这样可以控制误报率。此外，'motifcounter'实现了基于随机DNA序列中预期的两个motif匹配数的motif匹配富集测试。Motif富集是由复合泊松近似或Motif匹配计数的组合近似来促进的。这两种模型都考虑了高阶背景模型、基序的自相似性以及对两条DNA链的命中。 The package is in particular useful for long motifs and/or relaxed choices of score thresholds, because the implemented algorithms efficiently bypass the need for enumerating a (potentially huge) set of DNA words that can give rise to a motif match.

作者:沃尔夫冈·科普[aut, cre]

维护者:Wolfgang Kopp < Kopp at molgen.mpg.de>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	介绍' motifcounter '包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MotifAnnotation，SequenceMatching，软件，转录
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.0)
进口	Biostrings、方法
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，MotifDb，seqLogo，prettydoc
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	motifcounter_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	motifcounter_1.0.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	motifcounter_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifcounter
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifcounter/
软件包下载报告	下载数据