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DOI:10.18129 / B9.bioc.monocle

集群、微分表达式,为单身——细胞RNA-Seq和轨迹分析

Bioconductor版本:版本(3.5)

Monocle执行微分表达式和时序分析单细胞表达实验。这订单的单个细胞根据进展通过生物过程,提前不知道哪些基因通过这一过程定义的进步。单片眼镜还执行微分表达式分析、集群、可视化、单细胞表达数据和其他有用的任务。设计与RNA-Seq和qPCR数据,也可以与其他类型。

作者:科尔杰尔

维护人员:科尔杰尔< coletrap uw.edu >

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PDF	R脚本	单片眼镜:细胞计数、微分表达式和轨迹分析单细胞RNA-Seq实验
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DataRepresentation,DifferentialExpression,GeneExpression,基础设施,MultipleComparison,质量控制,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10.0)、方法矩阵(> = 1.2 6),Biobase,ggplot2(> = 1.0.0),VGAM(> = 1.0 - 1),DDRTree(> = 0.1.4)
进口	平行,igraph(> = 1.0.1),BiocGenerics,HSMMSingleCell(> = 0.101.5),plyr,集群,combinat,fastICA、网格irlba(> = 2.0.0),matrixStats,densityClust,Rtsne,质量,reshape2,limma,dplyr,qlcMatrix,pheatmap,stringr,代理,大满贯,统计数据
链接
建议	knitr,Hmisc,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	的作用
建议我	嘘,食物,sincell
构建报告

包档案

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源包	monocle_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	monocle_2.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	monocle_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monocle
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/monocle/
包下载报告	下载数据