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DOI:10.18129 / B9.bioc.minfi

分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组

Bioconductor版本:版本(3.5)

工具来分析和可视化Illumina公司英飞纳姆甲基化数组。

作者:Kasper丹尼尔·汉森(cre, aut),马丁·阿尔耶前来(aut),拉斐尔·a·伊(aut),安德鲁·e·贾菲(施)Jovana Maksimovic(施),e·安德烈斯豪斯曼(施),让-菲利普•福丁(施),蒂姆Triche[所有],山诉安德鲁斯(施)

维修工:Kasper丹尼尔·汉森< kasperdanielhansen gmail.com >

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细节

biocViews	DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,MethylationArray,微阵列,多通道,归一化,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostrings,bumphunter(> = 1.1.9)
进口	S4Vectors,GenomeInfoDb,Biobase(> = 2.33.2),IRanges,beanplot,RColorBrewer,晶格,nor1mix,siggenes,limma,preprocessCore,illuminaio,matrixStats(> = 0.50.0),mclust,genefilter,nlme,重塑,质量,quadprog,data.table,GEOquery、统计、grDevices图形,跑龙套
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPIC,FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit,消化,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kasperdanielhansen/minfi
BugReports	https://github.com/kasperdanielhansen/minfi/issues
取决于我	bigmelon,冠军,conumee,CopyNumber450kData,DMRcate,ENmix,FlowSorted.Blood.450k,FlowSorted.CordBlood.450k,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,FlowSorted.DLPFC.450k,IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation27kmanifest,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,methylumi,minfiData,minfiDataEPIC,REMP,shinyMethyl
进口我	埃尔默,funtooNorm,餐,MethylAid,methylumi,missMethyl,quantro,skewr
建议我	哈曼,MultiDataSet,RnBeads
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	minfi_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	minfi_1.22.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	minfi_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/minfi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/minfi/
包下载报告	下载数据