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DOI:10.18129 / B9.bioc.methylPipe

碱基分辨率DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:Release (3.5)

对CpG和非CpG序列背景下碱基分辨率DNA甲基化数据的记忆高效分析。从任何提供基础或低分辨率数据的方法中获得的DNA甲基化数据的集成。

作者:卡马尔•基

维护者:卡马尔·基肖尔<卡马尔。在gmail.com fartiyal84 >

安装

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文档

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PDF	R脚本	methylPipe.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.2.0)、methods、grDevices、graphics、stats、utils、GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rsamtools
进口	marray,gplots,IRanges,BiocGenerics,Gviz,GenomicAlignments,Biostrings平行,data.table,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,knitr,MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ListerEtAlBSseq
进口我	compEpiTools
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methylPipe_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	methylPipe_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methylPipe_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylPipe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylPipe/
包下载报告	下载数据