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DOI:10.18129 / B9.bioc.methylKit

高通量亚硫酸氢盐测序结果的DNA甲基化分析

Bioconductor版本:Release (3.5)

methylKit是一个用于DNA甲基化分析和高通量亚硫酸氢盐测序注释的R包。该包设计用于处理RRBS及其变体的测序数据，也用于目标捕获方法和全基因组亚硫酸氢盐测序。它也有功能分析碱基对分辨率5hmC数据从实验协议，如oxBS-Seq和TAB-Seq。Perl只需要读取SAM文件。

作者:Altuna Akalin, Matthias Kormaksson [aut]， Sheng Li [aut]， Arsene Wabo [ctb]， Adrian Bierling [aut]， Alexander Gosdschan [aut]

维护者:Altuna Akalin

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	methylKit:用户指南v ' r packageVersion('methylKit') '
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,MethylSeq,测序,软件
版本	1.2.4
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),GenomicRanges(> = 1.18.1)方法
进口	IRanges,data.table(> = 1.9.6),并行,S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDb,KernSmooth,qvalue,emdbook,Rsamtools,gtools,fastseg,rtracklayer,mclust,Rcpp,R.utils,limma， grDevices, graphics, stats, utils
链接	Rcpp,Rhtslib,zlibbioc
建议	testthat,knitr,rmarkdown,genomation
SystemRequirements
增强了
URL	http://code.google.com/p/methylkit/
取决于我
进口我	methylInheritance
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	methylKit_1.2.4.tar.gz
Windows二进制	methylKit_1.2.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methylKit_1.2.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylKit
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylKit/
包下载报告	下载数据