要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“metagenomeFeatures”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

metagenomeFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeFeatures

标记基因序列分类注释的探索

Bioconductor版本:Release (3.5)

metagenomeFeatures被开发用于探索标记基因宏基因组序列数据集的分类注释。该包可用于探索标记基因数据库的分类学组成或标记基因宏基因组实验中的注释序列。

作者:Nathan D. Olson, Joseph Nathaniel Paulson, Hector Corrada Bravo

维护者:Nathan D. Olson

引文(从R内,输入引用(“metagenomeFeatures”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“metagenomeFeatures”)

文档

超文本标记语言 R脚本 例16S标注流程
超文本标记语言 R脚本 装饰图案的标题
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释基础设施宏基因组微生物组测序软件
版本 1.8.1
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.4),Biobase(> = 2.17.8)
进口 Biostrings(> = 2.36.4),ShortRead(> = 1.26.0),dplyr(> = 0.7.0),dbplyr(> = 1.0.0),stringr(> = 1.0.0),lazyeval(> = 0.1.10),RSQLite(> = 1.0.0),magrittr(>= 1.5),方法(>= 3.3.1),晶格(> = 0.20.33),metagenomeSeq(> = 1.14.2),(> = 3.5),purrr(> = 0.2.2)
链接
建议 knitr(> = 1.11),msd16s(> = 0.102.0),testthat(> = 0.10.0),rmarkdown(> = 1.3)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures
BugReports https://github.com/HCBravoLab/metagenomeFeatures/issues
全靠我
进口我 greengenes13.5MgDb
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 metagenomeFeatures_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 metagenomeFeatures_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) metagenomeFeatures_1.8.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeFeatures
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeFeatures/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网