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安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“hiReadsProcessor”)
在大多数情况下,您不需要下载包存档。
hiReadsProcessor
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DOI:10.18129 / B9.bioc.hiReadsProcessor
函数来处理LM-PCR从454 / Illumina公司数据读取
Bioconductor版本:版本(3.5)
hiReadsProcessor包含的函数允许用户进程LM-PCR产品排序使用任何平台。给定一个excel /多路分解txt文件包含参数和样本的元数据,自动调整功能基因组的适配器和识别产品。基因产品进一步加工的质量控制和丰富量化。
作者:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >
维护人员:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“hiReadsProcessor”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“hiReadsProcessor”)
文档
| HTML | R脚本 | 使用hiReadsProcessor |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 预处理,测序,软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(3年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | Biostrings,GenomicAlignments,BiocParallel,hiAnnotatorR (> = 3.0) |
| 进口 | sonicLength,dplyr,BiocGenerics,GenomicRanges,rSFFreader,readxl、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,testthat |
| SystemRequirements | 咩咩咩咩的叫声,UCSC hg18 2位格式 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | hiReadsProcessor_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | hiReadsProcessor_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiReadsProcessor |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/hiReadsProcessor/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
