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DOI:10.18129 / B9.bioc.h5vc

使用hdf5后端管理对齐计数

Bioconductor版本:Release (3.5)

这个包包含与存储在HDF5文件中的NGS实验数据交互的函数。

作者:Paul Theodor Pyl

维护者:Paul Theodor Pyl < Paul . Theodor。Pyl在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

超文本标记语言	R脚本	用h5vc和shiny构建最小基因组浏览器
超文本标记语言	R脚本	h5vc—旅游
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	2.10.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(4年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	网格,gridExtra，ggplot2
进口	rhdf5，重塑，S4Vectors，IRanges，Biostrings，Rsamtools(>= 1.19.38)，方法GenomicRanges，abind，BiocParallel，BatchJobs，h5vcData，GenomeInfoDb
链接	Rsamtools
建议	knitr，locfit，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，biomaRt，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	h5vcData
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	h5vc_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	h5vc_2.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	h5vc_2.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/h5vc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/h5vc/
软件包下载报告	下载数据