安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“girafe”)
在大多数情况下,您不需要下载包存档。
Bioconductor版本:版本(3.5)
包“girafe”处理的基因组水平表示读取从下一代测序数据保持一致。使它包含一个对象类的详细描述与一致读和功能比较基因组的间隔,想象,出口和使用这样的间隔和对齐的读取。因此,包与包ShortRead之间提供了一个链接,IRanges genomeIntervals。
作者:Joern Toedling,来自康斯坦斯Ciaudo,奥利弗Voinnet,伊迪丝听到,伊曼纽尔Barillot,沃尔夫冈•休伯
维护人员:j . Toedling < jtoedling在yahoo.de >
从内部引用(R,回车引用(“girafe”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“girafe”)
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“girafe”)
R脚本 | 基因组的间隔和阅读校准功能的探索 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 测序,软件 |
版本 | 1.28.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.6 (r - 2.11)(7.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(> = 2.10.0)、方法BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.7.21),Rsamtools,时间间隔(> = 0.13.1),ShortRead(> = 1.3.21),genomeIntervals(> = 1.25.1),网格 |
进口 | 方法,Biobase,Biostrings、图形、grDevices统计,跑龙套,IRanges(> = 2.3.23) |
链接 | |
建议 | 质量,org.Mm.eg.db,RColorBrewer |
SystemRequirements | |
增强了 | genomeIntervals |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | girafe_1.28.0.tar.gz |
Windows二进制 | girafe_1.28.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | girafe_1.28.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/girafe/ |
包下载报告 | 下载数据 |