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DOI:10.18129 / B9.bioc.geneXtendeR

最优基因从组蛋白修饰ChIP-seq数据扩展

Bioconductor版本:版本(3.5)

geneXtendeR旨在优化注释组蛋白修饰ChIP-seq峰值与功能重要的基因组特性输入文件(例如,基因与山峰)基于优化计算。geneXtendeR优化每一个基因在基因组的边界延伸一些基因距离(DNA碱基对)为目的的灵活结合基因元素(不尽,如增强剂和促进剂,以及下游的元素重要的功能基因相对于一个表观遗传组蛋白修饰ChIP-seq数据集。geneXtender计算最优基因扩展针对特定的宽泛,表观遗传标记(例如,H3K9me1 H3K27me3),由用户提供的输入文件ChIP-seq峰。因此,geneXtender最大化定位基因的信噪比接近和直属的山峰。通过执行这种性质的计算扩张,ChIP-seq读取最初不会严格地映射到一个特定的基因可以优化映射到监管区域的基因,从而暗示基因作为一个潜在的候选人,从而使ChIP-seq实验更成功。这种方法处理时尤为重要的表观遗传组蛋白修饰,内在的广泛的山峰。

作者:波丹Khomtchouk (aut (cre)

维护人员:波丹Khomtchouk < khomtchoukmed gmail.com >

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PDF	R脚本	geneXtendeR装饰图案
PDF		参考手册
文本		自述

细节

biocViews	注释,ChIPSeq,ChipOnChip,报道,DataImport,DifferentialPeakCalling,遗传学,GenomeAnnotation,HistoneModification,PeakDetection,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(1年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	rtracklayerR (> = 3.3.1)
进口	data.table,dplyr、图形、跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/geneXtendeR
BugReports	https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/geneXtendeR/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	geneXtendeR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	geneXtendeR_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	geneXtendeR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geneXtendeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geneXtendeR/
包下载报告	下载数据